Основными направлениями деятельности СНИЦ РАН являются фундаментальные и прикладные исследования экономических, экологических и социальных проблем развития рекреационно-туристского сектора экономики России, научное и научно-методическое содействие устойчивому развитию ЮФО и регионов рекреационно-туристской специализации Черноморского побережья России.

Тематика научных исследований СНИЦ РАН соответствует основным направлениям фундаментальных исследований, утвержденным постановлением Президиума РАН № 233 от 1 июля 2003 г.; основным направлениям научной деятельности СНИЦ РАН, утвержденным Постановлением Президиума РАН № 345 от 28.11.2006 г.; «Основным направлениям фундаментальных исследований Программы фундаментальных научных исследований Российской академии наук на период с 2007-2011 годы», утвержденным распоряжением Президиума РАН № 10103-30 от 22 января 2007 г., а также тематике, определенной Уставом СНИЦ РАН.